В письме от 01.03.2013 N 03-07-11/6175 Минфин напомнил, что если в сделках между взаимозависимыми лицами применены цены, отличные от рыночных, и это привело к занижению налоговой базы, то производится ее корректировка. Это касается и начисления НДС.

Корректировки по НДС отражаются в уточненных декларациях по каждому налоговому периоду, в котором произошло отклонение цен. Уточненки по НДС представляются одновременно с декларацией по налогу на прибыль организаций (или по НДФЛ).

При этом необходимо учитывать, что согласно ст. 168 НК при реализации товаров (работ, услуг) налогоплательщик дополнительно к цене реализации обязан предъявить к оплате покупателю соответствующую сумму НДС путем выставления счетов-фактур.

Однако при указанной корректировке налоговой базы сумма НДС покупателю не предъявляется. Значит, нет оснований для выставления продавцом счетов-фактур, в которых указывается откорректированная налоговая база и сумма НДС. Соответственно, покупатель товаров (работ, услуг) принятые к вычету суммы налога не корректирует.

Однако при этом "следует отметить, что осуществление симметричной корректировки российскими организациями - налогоплательщиками, являющимися другими сторонами контролируемой сделки, при исчислении налогов, указанных в п. 4 ст. 105.3 Кодекса, в том числе НДС, ... заключается в применении цен, на основании которых ФНС России осуществлена корректировка налоговой базы и суммы налога", - пишет ведомство.

Минфин напомнил также, что при самостоятельной корректировке применяемых цен в период с даты возникновения недоимки до даты уплаты налога на прибыль не начисляются пени.