По результатам выездной проверки ИФНС указала на неправомерное применение УСН в 2012 году из-за превышения лимита доходов и доначислила налоги по общей системе. Акт проверки получен компанией в феврале 2016 года.

Затем в мае компания представила декларации по НДС с заявленной суммой к возмещению за 1 и 2 кварталы 2012 года, а в ноябре – уточненку по УСН с нулевой суммой налога к уплате вместо заявленных ранее 787 тысяч рублей.

Инспекция отказала в возмещении НДС, сославшись на пропуск трехлетнего срока для предъявления вычетов. По мнению налоговой, о праве на возврат НДС налогоплательщик должен был узнать в период наличия обязанности по исчислению НДС, то есть в 2012 году, а не после получения акта проверки. В возврате налога по УСН компании также отказано. Инспекция считает, что о переплате налогоплательщик должен был знать с момента утраты права на УСН, следовательно, срок на возврат сумм излишне уплаченного налога истек в 2015 году.

Суды трех инстанций (дело № А33-4349/2017) отменили решение инспекции, указав на пункт 1 статьи 200 ГК – течение срока исковой давности начинается со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права. Акт выездной проверки получен налогоплательщиком в феврале 2016 года, именно с этого момента компания узнала о незаконном применении УСН. Право на возмещение НДС установлено инспекцией и подтверждается актом проверки и решением на основании документов, представленных налогоплательщиком и его контрагентами. Таким образом, до получения акта проверки у компании отсутствовала возможность заявлять налоговые вычеты.

Суды (постановление кассации Ф02-6889/2017 от 01.03.2018) разъяснили, что НК не предусматривает возможность применения УСН одновременно с общей системой, поэтому инспекция была обязана скорректировать обязательства по исчисленному и необоснованно уплаченному налогу по УСН за 2012 год.