ООО «А» применяло УСН с объектом обложения «доходы» и занималось строительством торгового центра. В ноябре 2013 года подало заявление о переходе на общий режим в связи с регистрацией ООО «М», 100% участия в котором принадлежало учредителю ООО «А», и сменой учредителя ООО «А» на ООО «М». В результате доля участия юрлица в ООО «А» превысила 25%, что является основанием для утраты права на УСН. В январе 2014 года компания представила декларацию по НДС за 4 квартал 2013 года с суммой налога к возмещению.
По результатам камеральной проверки инспекция отказала в возмещении налога, указав на неправомерность вычетов по строительным работам на сумму 48 млн рублей, законченным в декабре 2012 года.
Суд первой инстанции (дело № А68-12870/2014) признал решение законным. Апелляция отменила решение суда, указав на пункт 6 статьи 346.25 НК – налогоплательщики, применявшие УСН, при переходе на общий режим вправе применить вычет НДС по счетам-фактурам, предъявленным в период применения УСН, если стоимость приобретений не учтена в расходах при УСН.
Суд распространил эту норму и на налогоплательщиков, выбравших объект обложения «доходы». Суд обратил внимание, что объект достроен и введен в эксплуатацию в августе 2014 года – спустя десять месяцев после перехода налогоплательщика на общий режим, следовательно, работы приобретены для операций, облагаемых НДС.
Кассация оставила в силе решение суда первой инстанции, указав на невозможность применения пункта 6 статьи 346.25 НК, поскольку в соответствующие периоды налогоплательщик пользовался налоговой выгодой в виде применения более низкой налоговой ставки – использовал объект обложения «доходы». Доказательства того, что работы выполнены контрагентом после перехода на общий режим, налогоплательщиком не представлены. Таким образом, НДС, предъявленный подрядными организациями в ходе строительства объекта, подлежит включению в первоначальную стоимость завершенного строительством объекта недвижимости, указала кассация (Ф10-4383/2016 от 25.07.2017).
