Компания применяла УСН с объектом налогообложения «доходы». 15 октября 2013 года компания представила в инспекцию уведомление об отказе от применения УСН с 1 октября в связи с превышением лимита доходов в 4 квартале. За 4 квартал компания представила отчетность по общей системе налогообложения (НДС, налог на прибыль), в том числе, исчислила налоговую базу и заявила вычеты по НДС.
По результатам выездной проверки налоговая доначислила компании НДС, УСН, пени и штрафы, указав на неправомерный переход с упрощенки на общий режим. Инспекция установила, что в 4 квартале на расчетный счет компании поступили денежные средства от ООО «Т» в сумме 55,7 млн рублей (включая НДС 8,5 млн рублей) и предоплата от ООО «Ю» на сумму 10,7 млн рублей (в том числе НДС 1,6 млн рублей). Затем договоры со вторым контрагентом были расторгнуты, полученные авансы подлежали возврату. Кроме того, при определении суммы доходов компания учла всю сумму оплаты, поступившую от ООО «Т», с учетом НДС.
Суды трех инстанций (дело № А75-11823/2015) признали законным решение инспекции, указав на пункт 1 статьи 248 НК - из доходов исключаются суммы налогов, которые продавец предъявляет покупателю. Следовательно, компания, применяющая УСН, в состав доходов не включает сумму НДС, полученную в составе стоимости реализованных товаров (работ, услуг) при выставлении счета-фактуры с выделением налога. Налог в полном объеме должен быть перечислен в бюджет в соответствии с подпунктом 1 пункта 5 статьи 173 НК.
Также суды (постановление кассации Ф04-3191/2016 от 26.07.2016) указали на пункт 1 статьи 346.17 НК - в случае возврата налогоплательщиком аванса на сумму возврата при УСН уменьшаются доходы того периода, в котором произведен возврат.
Если не учитывать НДС, поступивший от ООО «Т», и предоплату, полученную от ООО «Ю», доход компании составил 47,2 млн рублей, то есть не превысил установленный для применения УСН лимит, следовательно, компания была не вправе переходить на общий режим и заявлять вычеты в декларации по НДС.
