Компания применяла УСН с объектом налогообложения «доходы» с 2010 года и представляла в инспекцию соответствующие декларации.

В январе 2015 года компания представила декларацию по НДС за 4 квартал 2014 года, поскольку выставляла счета-фактуры с НДС. Фирма исчислила налог и заявила вычеты, сумма налога нарисовалась к возмещению. В июне 2015 года компания опять сдала декларацию по УСН за 2014 год.

По результатам камеральной проверки декларации по НДС налоговая отказала в вычетах, доначислила налог, пени и штраф, указав на применение УСН, которая не предусматривает обязанности по уплате НДС.

Суды трех инстанций (дело № А65-30262/2015) признали законным решение инспекции, указав на пункт 5 статьи 346.13 НК - налогоплательщик обязан сообщить о переходе на иной режим налогообложения в течение 15 календарных дней по истечении отчетного периода.

Суды установили, что истец право на применение УСН не утрачивал, сообщений в налоговый орган о переходе на иной режим налогообложения не направлял.

Согласно пункту 5 статьи 173 НК сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, исчисляется в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога лицами, не являющимися налогоплательщиками, или налогоплательщиками, освобожденными от уплаты налога.

В решении кассации (Ф06-14169/2016 от 23.11.2016) указано: «возникновение в данном случае обязанности по перечислению в бюджет налога не означает, что выставившее счет-фактуру лицо приобретает в отношении таких операций статус налогоплательщика, в том числе право на применение налоговых вычетов».