В 2007 году компанией (инвестором) был заключен инвестиционный договор о строительстве объекта недвижимости с ООО (застройщик). В связи с этим компания перечисляла денежные средства. В феврале 2008 года объект введен в эксплуатацию, а в марте 2010 года составлен акт реализации инвестиционного проекта. Актом предусмотрена обязанность застройщика в 20-дневный срок с момента подписания акта выставить инвестору счет-фактуру на сумму инвестиций и передать первичные документы. Однако данную обязанность ООО не выполнило, и только в судебном порядке (в рамках другого судебного разбирательства)  ООО обязали выставить счет-фактуру. При этом суд учел, что ООО находится на УСН, не является плательщиком НДС и не должно выставлять счета-фактуры с выделением НДС. Исполняя решение суда, ООО направило компании счет-фактуру без выделения суммы НДС.

По результатам камеральной проверки уточненной декларации компании по НДС за 1 квартал 2010 года ИФНС пришла к выводу о неправомерном использовании вычета по счету-фактуре ООО без выделенной суммы НДС.

Суды трех инстанций (дело № А07-5229/2013) признали правомерным решение инспекции. В соответствии со статьей 172 НК налоговые вычеты производятся на основании счетов-фактур, выставленных продавцами при приобретении налогоплательщиком товара (работ, услуг). В счете-фактуре должна быть указана ставка НДС и сумма налога, предъявленная покупателю товаров (работ, услуг) (статья 169 НК).

На основании вышеизложенного суды пришли к выводу, что спорный счет-фактура не может служить основанием для предъявления НДС к вычету.