В ходе выездной проверки физлица К. инспекция установила систематическое получение прибыли от сдачи в аренду нежилых помещений, признала деятельность предпринимательской и доначислила налоги по общей системе налогообложения.

При этом ИФНС установила переплату по НДФЛ налоговыми агентами (арендаторами) и недоимку по НДС, доначислила НДС, пени и штраф.

К. обратился в суд, указывая, что в ходе выездной проверки был установлен факт излишней уплаты НДФЛ, следовательно, пени и штрафы по НДС следовало начислить на сумму недоимки, оставшуюся после проведения зачета переплаты по НДФЛ.

Суды трех инстанций (дело № А56-52085/2017) признали законным решение инспекции, разъяснив, что своевременная уплата в бюджет НДФЛ не подменяет собой установленную обязанность по уплате НДС. Согласно статье 231 НК налогоплательщик вправе обратиться в инспекцию с заявлением о возврате излишне удержанной ранее налоговым агентом суммы налога и представить налоговую декларацию. Решение о возврате налога принимается после завершения камеральной проверки.

В данном случае уточненная декларация по НДФЛ была представлена после окончания выездной проверки. Таким образом, на момент вынесения решения налоговой переплата по НДФЛ отсутствовала, в связи с чем не было оснований для учета переплаты при начислении пени и штрафов по НДС, разъяснили суды (постановление кассации Ф07-4675/2018 от 18.05.2018).