Предприниматель, применяющий УСН «доходы», в 2011 году получил доход от продажи акций. Полагая, что этот доход подлежит обложению УСН, но не отразив его в декларации по УСН, предприниматель уплатил авансовый платеж по УСН с этого дохода за 1 квартал 2011 год в сумме 214,8 тысяч рублей по чеку-ордеру от 25 апреля 2011 года.

Позднее предприниматель пришел к выводу о том, что указанный доход подлежит обложению по специальной норме статье 214.1 главы 23 НК и исчислил в декларации за 2011 год НДФЛ и уплатил его в бюджет.

Считая, что налоги неправомерно уплачены дважды, в декабре 2014 года ИП обратился в ИФНС с заявлением о возврате суммы излишне уплаченного налога по УСН или излишне уплаченного НДФЛ, поскольку окончательно не знал, какой реально он должен был уплатить налог от указанного дохода. Инспекция отказала в возврате переплаты, сославшись на пропуск трехлетнего срока для обращения с таким заявлением.

Суды трех инстанций (дело № А57-23937/2016) признали законным решение инспекции, указав, что сделка носила разовый характер, деятельность по обороту ценных бумаг налогоплательщик не вел. При этом суды сочли правомерно уплаченным НДФЛ согласно положением статьи 214.1 НК.

Насчет течения трехлетнего срока суды отклонили довод предпринимателя о том, что налог следует считать излишней уплаченным только по окончании налогового периода. Окончательный финансовый результат по УСН за 2011 год сформирован без учета спорной суммы, следовательно, оснований к определению начала течения срока с подачи налоговой декларации за 2011 год по УСН не имеется.

Суды (постановление кассации Ф06-23942/2017 от 15.09.2017) также отметили, что в ИФНС или УФНС за разъяснениями, при наличии возникающих вопросов по исчислению налога, налогоплательщик не обращался.