В письме от 11.07.17 № 03-07-11/43774 Минфин напомнил, что пунктом 3 статьи 161 НК установлен особый порядок применения НДС при предоставлении органами власти и местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов РФ и муниципального имущества. Налоговая база по НДС по указанным операциям определяется налоговыми агентами - арендаторами указанного имущества.

В отношении услуг по предоставлению в аренду муниципального имущества, закрепленного за МУПами или муниципальными учреждениями (за исключением казенных) на праве хозяйственного ведения или оперативного управления, особенностей по исчислению и уплате НДС не предусмотрено. В этом случае налогоплательщиками НДС являются эти предприятия (учреждения).

На основании подпункта 4.1 пункта 2 статьи 146 НК выполнение работ (оказание услуг) казенными учреждениями не признается объектом налогообложения НДС. В связи с этим услуги по предоставлению в аренду муниципального имущества, оказываемые казенными учреждениями, не являются объектом налогообложения НДС, и арендаторы указанного имущества НДС в качестве налогового агента не уплачивают.