В 2013-2014 годах компания, применяющая УСН, создала основное средство (здание), принятое к учету в марте 2014 года по первоначальной стоимости 10,3 млн рублей со сроком полезного использования 480 месяцев. В декабре 2014 года здание продано физлицам за 10,8 млн рублей. До продажи компания начисляла амортизацию. В книге учета доходов и расходов за 2014 год компания отразила полученные доходы и произведенные расходы, то есть уменьшила доходы на сумму остаточной стоимости здания. С учетом других текущих расходов налоговая база составила 0 рублей, исчислен минимальный налог.

По результатам выездной проверки ИФНС доначислила налог по УСН, пени и штраф. По мнению инспекции, при продаже основных средств расходы, понесенные при их создании, не могут учитываться при определении налоговой базы по УСН согласно пункту 1 статьи 346.16 НК. Перечень расходов, предусмотренный этой статьей, является закрытым. Расходы на создание основного средства учитываются в момент принятия основного средства в эксплуатацию. Согласно пункту 3 статьи 346.16 НК для основных средств, реализованных в течение трех лет с момента учета расходов на их сооружение (а для ОС со сроком использования более 15 лет - до истечения 10 лет), налогоплательщик обязан перечисчитать налоговую базу, исключив расходы на создание ОС. Учет в расходах остаточной стоимости основных средств, приобретенных (созданных) в период применения УСН и реализованных до истечения вышеуказанных сроков статьей 346.16 НК, не предусмотрен.

Суды трех инстанций (дело № А54-5594/2016) отменили решение инспекции, разъяснив, что случае выбытия основных средств пунктом 3 статьи 346.16 НК предусмотрен специальный порядок пересчета налоговой базы за весь период пользования основным средством с учетом положений главы 25 НК, в том числе подпункта 1 пункта 1 статьи 268 НК – при реализации амортизируемых основных средств полученный доход уменьшается на остаточную стоимость основного средства. 

В решении кассации (Ф10-1838/2017 от 23.06.2017) указано: «получение доходов от реализации основных средств непосредственно обусловлено расходами, связанными с их приобретением. Обратное толкование пункта 3 статьи 346.16 Налогового кодекса РФ приведет к необоснованному ограничению прав налогоплательщика, применяющего УСН».