По результатам выездной проверки ИФНС доначислила НДФЛ, пени и штраф, установив несвоевременную уплату налога налоговым агентом. Инспекцией в ходе проверки исследованы: кассовые, банковские документы, приказы (распоряжения) о приеме работников на работу (форма № Т-1), личные карточки работников (форма Т-2), штатное расписание (форма № Т-3), журнал проводок, отчет по проводкам по счетам 68.1 «Расчеты с бюджетом по НДФЛ», 51 «Расчетный счет», а также сведения о доходах физлиц за 2011-2013 годы.

Компания оспаривала решение в суде, указывая, что инспекцией не проанализированы и не изучены данные первичных учетных документов по начислению и выплате зарплаты. При этом компания представила результаты аудиторской проверки, согласно которым данные бухучета в 1-С в части начисленной и выданной зарплаты не соответствуют данным первичных документов по учету зарплаты, что делает невозможным определение фактических сумм выданной зарплаты, а также исчисление и удержание НДФЛ в правильных суммах.

Таким образом, свои недоработки в части учета фирма пыталась использовать в суде в свою пользу, однако это не удалось - суды трех инстанций (дело № А19-7243/2016) оставили в силе решение инспекции. Суды указали, что выводы инспекции основаны на сведениях регистров бухучета, обязанность по достоверному ведению которых возлагается на налогоплательщика. Они должны отражать реальные данные первичных документов, в то время как представленным аудиторским заключением подтверждается всеобъемлющее несоответствие данных первичных документов по учету зарплаты и данных бухучета, что свидетельствует о нарушениях, допущенных налогоплательщиком, а не налоговиками.

Суды (постановление кассации Ф02-2138/2017 от 20.06.2017) также отклонили довод компании о пропуске трехмесячнного срока для направления требования об уплате недоимки, установленого пунктом 1 статьи 70 НК. Суды указали, что в данном случае подлежит применению пункт 2 данной нормы, который распространяется на выявление недоимки  по результатам выездной проверки - требование должно быть направлено в течение 20 дней с даты вступления в силу решения. К тому же, суды пришли к выводу, что выявить неуплату НДФЛ налоговая в данном случае могла только по результатам выездной проверки.