В ходе выездной проверки ИФНС установила, что компания неправомерно заявила вычеты НДС по сделкам с ООО «Г», «П», «С», «А». Документы по сделкам содержали недостоверные сведения. После вынесения решения, но до вступления его в силу налогоплательщик подал уточненные декларации и внес изменения в книги покупок, в которых исключил суммы НДС по указанным контрагентам из налоговых вычетов и добавил новые счета-фактуры по другим контрагентам. Но по результатам проверки инспекция все равно доначислила НДС, пени и штраф.

Компания оспорила решение в суде (дело № А27-6850/2016), поясняя, что до вступления в силу решения компания заявила новые вычеты, которые впоследствии приняты в ходе камеральных проверок, следовательно, не доказано получение необоснованной налоговой выгоды и правомерность начисления пени и штрафов по результатам выездной проверки.

Суды трех инстанций отказали в удовлетворении требований.

Счета-фактуры включены в книги покупок с соблюдением положений законодательства - учтены операции по приобретению ТМЦ, соответствующие дате счетов-фактур. Суды разъяснили, что налогоплательщик вправе представить уточненную декларацию и после принятия решения по результатам проверки. При этом при ее подаче меняется не налоговая обязанность, а сумма, подлежащая уплате в бюджет. Представив уточненки, компания лишь воспользовалась правом заявить вычеты по НДС. Однако после проведения проверки и вынесения решения уточненные декларации не могли быть оценены и учтены, следовательно, данные этих деклараций не влияют на выводы, сделанные в ходе проверки.

В решении кассации (Ф04-1475/2017 от 14.06.2017) указано: «поскольку Общество скорректировало свои налоговые обязательства только после обнаружения Инспекцией нарушений при исчислении НДС и принятия по результатам проверки решения, правильным является вывод судов об обоснованном начислении пени и привлечении Общества к ответственности по пункту 1 статьи 122 НК РФ».