В письме от 14 марта 2017 г. № СД-4-3/4481@ ФНС напомнила, что организации на УСН не признаются налогоплательщиками НДС, за исключением НДС, подлежащего уплате при ввозе товаров в РФ, а также НДС, уплачиваемого в соответствии со статьей 174.1 НК.

Согласно подпункту 3.1 статьи 169 НК лица, не являющиеся налогоплательщиками, в случае выставления и (или) получения ими счетов-фактур в ходе деятельности в интересах другого лица на основе договоров комиссии, агентских договоров, имущественных прав от имени комиссионера (агента), обязаны вести журнал учета полученных и выставленных счетов-фактур в отношении указанной деятельности.

Налогоплательщик, применяющий УСН, при ввозе товаров на территорию РФ по договору комиссии, заключенному с комитентом, счетов-фактур не выставляет. Поэтому обязанность по ведению журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур у данного налогоплательщика отсутствует.