В уточненной декларации по НДС за 2 квартал 2013 года компания уменьшила сумму НДС, исчисленную с реализации продукции по 11 контрагентам, на 46 млн рублей, сославшись на письма с просьбами считать поступившую от контрагентов оплату (2009, 2011 годы, 2 - 4 кварталы 2012 года, 1 квартал 2013 года) по одному договору и/или счету-фактуре полученной в счет оплаты по другому договору/счету-фактуре.

По мнению компании, исходя из абзаца 3 пункта 1 статьи 54 НК, в случае корректировки периодов, когда произошла оплата, у компании возникнет переплата, следовательно, корректировка прошлых налоговых периодов является ее правом, а не обязанностью. Поэтому компания откорректировала налоговые обязательства в периоде выявления ошибок (во 2 квартале 2013 года).

По результатам камеральной проверки ИФНС доначислила НДС, пени  и штраф, указав на неправомерность таких действий.

Суд первой инстанции (дело № А40-97489/2015) поддержал позицию налогоплательщика, признав возможным исправить ошибки в периоде их выявления путем подачи уточненной налоговой декларации по НДС за данный период.

Апелляция отменила его решение, указав на абзац 2 пункта 11 правил ведения книги продаж (постановление 1137) – при аннулировании записи в книге продаж (после окончания текущего налогового периода) по счету-фактуре в связи с внесением в него исправлений используются дополнительные листы книги продаж за тот налоговый период, в котором был зарегистрирован счет-фактура до внесения в него исправлений. Этот порядок не позволяет организации произвести перерасчет налоговой базы и суммы налога за налоговый период, в котором получены документы, относящиеся к другим периодам и являющиеся основанием для изменения ранее определенных налоговых обязательств.

Суды пояснили, что приведенная истцом норма рассматривает исправление ошибок в исчислении налоговой базы, повлекшей излишнюю уплату налога. Однако, в данном случае, компания счета-фактуры не корректировала, а сторнировала записи в книге продаж.

Судья ВС (305-КГ16-20354 от 14.02.2017) отказал компании в передаче дела в коллегию по экономическим спорам.