В письме от 31.10.16 № 03-11-11/63683 Минфин напомнил, что налогоплательщики, в том числе освобожденные от НДС, в случае выставления и (или) получения ими счетов-фактур в ходе деятельности в интересах другого лица на основе договоров комиссии, транспортной экспедиции, агентских договоров, при выполнении функций застройщика обязаны вести журнал учета полученных и выставленных счетов-фактур в отношении указанной деятельности.

При реализации товаров (работ, услуг) лицам, не являющимся плательщиками НДС, и налогоплательщикам, освобожденным от НДС, по письменному согласию сторон сделки счета-фактуры не составляются.

Таким образом, ИП на УСН освобождены от обязанности ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур в отношении деятельности по приобретению товаров для физлица-принципала у поставщика, которым по письменному согласию сторон счета-фактуры не составляются.