В 2011 году компания реконструировала ряд объектов основных средств. После реконструкции амортизация определялась исходя из остаточной стоимости (с учетом расходов на капитальные вложения) и оставшегося срока полезного использования основных средств.
По результатам выездной проверки ИФНС признала расчет неправомерным, доначислила налог на прибыль, пени и штраф, указав, что при расчете амортизации по объектам основных средств необходимо применять первоначальную стоимость (измененную в случае модернизации, дооборудования) и норму амортизации, установленную изначально.
Суды трех инстанций (дело № А40-86164/2015) отменили решение инспекции, разъяснив, что если после реконструкции срок полезного использования не увеличился, налогоплательщик при исчислении амортизации учитывает оставшийся срок полезного использования (абзац 3 пункта 1 статьи 258 НК).
Суды (постановление кассации Ф05-16149/2016 от 02.11.2016) пояснили, что в случае применения первоначальной нормы амортизации стоимость объекта остается не полностью самортизированной к моменту окончания срока его полезного использования. Это автоматически приводит к увеличению сроков полезного использования модернизированных основных средств, что может привести к превышению предельного срока по амортизационной группе. Это прямо противоречило бы пункту 1 статьи 258 НК, согласно которому увеличение срока полезного использования возможно только в пределах сроков, установленных для амортизационных групп.