В письме от 6 октября 2016 г. N 03-04-05/58149 Минфин пришел к новому для себя выводу насчет пересчета НДФЛ, если работник в течение года подал заявление об имущественном вычете в связи с приобретением жилья.

При обращении физлица к работодателю с заявлением о предоставлении вычета не в первом, а в одном из последующих месяцев календарного года налог исчисляется за весь истекший с начала года период с применением данного вычета.

Разница между суммой налога, исчисленной и удержанной до предоставления имущественного вычета, и суммой налога, определенной по установленным пунктом 3 статьи 226 НК правилам, в том месяце, в котором от работника поступило заявление о предоставлении вычета, образует сумму налога, перечисленную в бюджет излишне.

Излишне удержанная налоговым агентом из дохода налогоплательщика сумма налога подлежит возврату налоговым агентом на основании письменного заявления работника, считает теперь Минфин.

Таким образом, ведомство наконец-то прониклось позицией, изложенной ВС в обзоре судебной практики от 21 октября 2015 года. В частности, ВС указал: "разница между суммой налога, исчисленной и удержанной до предоставления имущественного вычета, и суммой налога, определенной по установленным пунктом 3 статьи 226 НК РФ правилам, в том месяце, в котором от работника поступило заявление о предоставлении вычета, образует сумму налога, перечисленную в бюджет излишне. ... Довод налогового органа о возможности возврата налоговым агентом только налога, излишне удержанного по ошибке, противоречит содержанию статьи 231 НК РФ, по смыслу которой налоговый агент возвращает налогоплательщику любые суммы налога, излишне перечисленные в бюджет в результате собственных действий агента".

Сравнительно недавно Минфин придерживался противоположной позиции.