В письмо от 18.07.16 № 03-11-06/2/41888 Минфин указал, что в соответствии с подпунктом 13 пункта 1 статьи 346.16 НК при УСН учитываются расходы на командировки, в частности, на проезд работника к месту командировки и обратно к месту постоянной работы, а также на консульские, аэродромные сборы, сборы за право въезда, прохода, транзита автомобильного и иного транспорта, за пользование морскими каналами, другими подобными сооружениями и иные аналогичные платежи и сборы.

Расходы по оплате суммы, удержанной транспортным агентством или перевозчиком при сдаче авиабилета командированным работникам по причине переноса даты вылета, и стоимости билетов по перенесенному рейсу в случае, если сдать билеты не было возможности, не относятся к вышеуказанным расходам. Такие расходы при УСН не учитываются.

Ранее Минфин уже высказывал такое мнение.