22 июля 2013 года компания представила в ИФНС декларацию по НДС за 2 квартал с суммой налога к возмещению 591 млн рублей и с применением заявительного порядка возмещения.

Затем в ходе камеральной проверки инспекция установила несоответствие данных декларации данным первичного учета (в части вычета в размере 28 млн рублей) и отказала в возмещении 28 млн, направила требование об уплате налога и процентов. Компания их уплатила и направила уточненную декларацию, в которой заявила этот же вычет, предъявив подтверждающие документы. По результатам камеральной проверки уточненки инспекция предоставила вычет.

Компания, в свою очередь, обратилась в инспекцию с заявлением о возврате излишне взысканной суммы процентов за пользование бюджетными средствами. Получив отказ, компания обратилась в УФНС, а затем и суд (дело № А09-13817/2014) с иском о возврате уплаченных процентов.

Суды трех инстанций признали законным решение инспекции, разъяснив, что заявительный порядок возмещения НДС является правом, которым может, но не обязан воспользоваться налогоплательщик, отвечающий требованиям, указанным в статье 176.1 НК. Используя это право, налогоплательщик обязуется не только возвратить в бюджет излишне полученные суммы налога, но и уплатить проценты за незаконное их использование.

Суды учли, что неправомерное заявление вычетов выявлено не налогоплательщиком, а установлено инспекцией в рамках проведенной камеральной налоговой проверки и отражено в решении, которое компания в судебном порядке не оспорила. При этом уплаченные проценты суды сочли санкцией за неправомерное использование бюджетных средств и указали, что их возврат возможен только при признании недействительным решения по первоначальной декларации судом или УФНС, а НДС правомерно заявленным к вычету и возмещенным налогоплательщиком.

В решении судьи ВС (310-КГ15-18128 от 26.01.2016) указано: «подача уточненной декларации после завершения камеральной проверки не влечет автоматического признания недействительным ранее вынесенного инспекцией решения... отмена решения инспекции об отказе в возмещении суммы налога, заявленной к возмещению в заявительном порядке по ранее поданной декларации и возврат соответствующих процентов, предусмотренных пунктами 10 и 17 статьи 176.1 Налогового кодекса, не производятся, поскольку это не предусмотрено НК».

В передаче дела в коллегию по экономическим спорам компании отказано.