Компания занималась строительством АЗС, привлекая для этого подрядчика. С сумм предоплаты подрядчику на основании его счетов-фактур компания применяла налоговые вычеты, а затем при принятии выполненных строительных работ восстанавливала ранее принятый к вычету НДС. При этом восстановление производилось в той календарной последовательности, в которой предоплата «закрывалась» объемами выполненных работ по стоимости, без учета ее отнесения к конкретным объектам строительства.

В ходе выездной проверки ИФНС указала на неверное определение периодов восстановления налоговых вычетов и отразила это в акте проверки.

За 10 дней до вынесения решения по проверке фирма представила в инспекцию уточненные налоговые декларации по НДС, в которых исправила методологические ошибки, которые привели к преждевременному восстановлению вычетов, и, как следствие, - к доначислениям по НДС, а также учла не предъявленные к возмещению из бюджета суммы НДС.

Однако инспекция вынесла решение без учета данных уточненок, доначислила НДС, пени и штраф. Камеральные проверки уточненок завершились на второй день после вынесения решения по выездной проверке, принято решение о возмещении налога. Суммы возмещенного налога отражены в карточке расчетов с бюджетом.

Суды трех инстанций (дело № А27-21464/2014) признали решение по выездной проверке недействительным, отменив пени и штрафы на суммы доначисленного налога в пределах имеющейся у налогоплательщика переплаты.

Суды (постановление кассации Ф04-22688/2015 от 05.08.2015) разъяснили, что в рамках выездной проверки налоговые органы обязаны полно и всесторонне устанавливать все фактические обстоятельства хозяйственной деятельности налогоплательщика, определяющие величину его налоговых обязательств.

В рассматриваемом случае уточненные декларации были сданы за 10 дней до вынесения оспариваемого решения с целью исправления методологических ошибок, выявленных при проведении проверки. Инспекция должна была учесть уточненки при вынесении решения.