В 1 квартале 2011 года компания приобрела нежилые помещения для сдачи в аренду, заявила вычет в налоговой декларации по НДС и возместила налог.

С 1 января 2013 года компания перешла на УСН, однако НДС не восстановила. По мнению компании, в налоговом законодательстве отсутствует прямое указание на восстановление налога в случае перехода налогоплательщика конкретно на УСН.

По результатам выездной проверки ИФНС доначислила компании НДС, пени и штраф.

Суды трех инстанций (дело № А58-6264/2014) признали решение инспекции законным, указав на подпункт 2 пункта 3 статьи 170 НК, в соответствии с которым при переходе на специальные налоговые режимы в соответствии с главами 26.2, 26.3 и 26.5 НК суммы налога, принятые ранее к вычету по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам, нематериальным активам, и имущественным правам подлежат восстановлению в налоговом периоде, предшествующем переходу на указанные режимы.

В данном случае налогоплательщик был обязан в 4 квартале 2012 года восстановить ранее принятый к вычету НДС с остаточной стоимости основных средств, числящихся на балансе по состоянию на указанную дату.

Довод компании о том, что приобретенные объекты недвижимости не относятся к товарам для перепродажи, отклонен судами (постановление кассации Ф02-4000/2015 от 06.08.2015), поскольку вышеуказанная норма применяется и в отношении ОС.