В 1 квартале 2013 года ОАО «Д» выставило ОАО «А» счет-фактуру за услуги по передаче электроэнергии за февраль общей стоимостью 123,948 млн рублей (18,9 млн рублей НДС). В книге покупок за 1 квартал 2013 года у покупателя размер налога, принятого к вычету, составил 16,7 млн рублей (на 2,2 млн рублей  меньше), что соответствует 109,76 млн рублей стомости услуг.

Во 2 квартале поставщик выставил корректировочный счет-фактуру, где в строке «А (до изменения)» указана «стоимость товаров (работ, услуг)» 44,722 млн рублей, в строке «Б (после изменения)» – 44,788 млн рублей.

Вместе с тем, в адрес ОАО «А» было направлено письмо, в котором подтверждена реализация электроэнергии за февраль а сумму 115,695 млн рублей и корректировка в сторону увеличения на 65 тысяч рублей.

ОАО «Д» также сообщило о направлении в адрес ОАО «А» ошибочно выставленного корректировочного счета-фактуры на 44,788 млн рублей и просило не принимать его к учету. К письму были приложены исправленный счет-фактура на 115,63 млн рублей и корректировочный на 115,695 млн рублей.

Во 2 квартале ОАО «А» приняло к вычету НДС в размере 905 тысяч рублей - НДС с разницы между конечной цифрой 115,695 млн и учтенной в первом квартале суммой 109,76 млн.

По результатам камеральной проверки ИФНС отказала в вычете.

Суды трех инстанций (дело № А15-2293/2014) установили, что изменения в количестве электроэнергии имели место дважды. Первый раз стоимость с НДС была увеличена со 109,76 млн рублей на 5,870 млн рублей до 115,630 тысяч рублей. Второй раз по данным корректировочного акта стоимость товара с учетом НДС увеличилась на 65 тысяч рублей.

Суды установили, что счет-фактура на 123,948 млн рублей в налоговом учете ни у налогоплательщика, ни у его контрагента не отражен, однако представлен в ходе налоговой проверки. В результате суды постановили, что ОАО «Д» при выставлении корректировочного счета-фактуры не обеспечило корреспонденцию показателей стоимости товаров (работ, услуг) и величины НДС, отражаемых в первичном счете-фактуре и в строке «А (до изменения)» корректировочного счета-фактуры. При этом данные нарушения суды сочли существенными, препятствующими определению правильности и соответствия сумм корректировок.

Судья ВС (308-КГ15-6972 от 13.07.2015) также отказал компании в передаче дела в коллегию по экономическим спорам.