По результатам выездной проверки налоговики доначислили компании налоги, в частности налог на прибыль, НДС, пени и штрафы, указав на неправильное исчисление этих налогов по ряду эпизодов. 

Инспекция установила расхождения между данными налоговых деклараций и книг продаж: не все счета-фактуры были отражены в декларациях. Также инспекция установила несоответствие итогов граф книг продаж данным, отраженным в представленных в инспекцию налоговых деклараций по НДС и налогу на прибыль. Суды трех инстанций (дело № А06-8393/2013) согласились с выводами инспекции по этим эпизодам.

Инспекция также установила неполное отражение доходов, полученных от реализации товаров на оптовых рынках в других регионах РФ, установив в ходе выемки документов, что часть счетов-фактур, в которых в качестве продавца и покупателя указан налогоплательщик, не отражены в книге продаж. Суд первой инстанции согласился с инспекцией. Апелляция и кассация отменили его решение, указав, что инспекцией не установлен факт реализации товара на оптовых рынках, не установлены контрагенты и цены, что не позволяет установить объем налоговых обязательств.

Также компания неправомерно не включила в налоговую базу по НДС и налогу на прибыль реализацию товаров, ввезенных из республики Иран, покупателям и транспортных услуг контрагентам, по которым в ходе проведения контрольных мероприятий подтверждены факты взаимодействия с налогоплательщиком. Суды признали решение инспекции в этой части правомерным. При этом в отношении услуг по международной перевозке товаров налогоплательщики вправе применить ставку 0%, представив установленный НК перечень документов. В данном случае компания в налоговых декларациях по НДС ставку 0% не заявляла, подтверждающих документов не представляла.

Компания также неправомерно не включила в налоговую базу по НДС и налогу на прибыль реализацию крана портального в адрес ООО. Инспекция в ходе выемки  документов изъяла счет-фактуру, выставленный в адрес контрагента, который не был отражен в книге продаж. При этом покупатель подтвердил покупку крана и представил все необходимые подтверждающие документы.

В 2009-2011 годах компания ввезла на территорию РФ различные товары (томатную пасту, финики, виноград сушеный, фисташки, цемент, природный гранитный камень, картофель свежий, абрикосовое пюре, изюм, сок яблочный), приняла их на учет, уплатила при ввозе НДС, который впоследствии заявила в составе налоговых вычетов. В ходе проверки инспекция установила, что товар, ввезенный в 2009 году, реализован на 35%, в 2010 году – на 33%, в 2011 году – на 56%. При этом остатков товара на складе не выявлено, не считая непригодных к дальнейшей реализации товаров - фиников и томатной пасты. Порчи товара оформлено не было, инвентаризация не проводилась. Инспекция решила, что компания сокрыла выручку от реализации импортного товара на «внутреннем» рынке. Суд первой инстанции согласился с инспекцией. Апелляция и кассация отменили его решение, указав, что под сокрытием дохода следует понимать невнесение в отчетные документы соответствующих сведений. При этом отсутствие у компании систематизированного и полного бухгалтерского и налогового учета не может подтверждать реализацию, как и несоответствие данных книг покупок и продаж. 

Также в ходе проверки инспекция установила невключение в налоговую базу по НДС сумм полученной предоплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), ввезенных из Ирана. Результаты проведенных контрольных мероприятий не подтвердили дальнейшую поставку товаров в адрес контрагентов, в связи с чем полученные суммы денежных средств включены инспекцией в налоговую базу, как суммы полученной оплаты в счет предстоящих поставок. Суды признали решение инспекции в этой части законным.

Инспекция также установила завышение компанией налоговой базы по НДС по ставке 0% за 2009- 2011 годы и указала, что компанией повторно представила документы, подтверждающие оплату произведенных экспортных операций, которые ранее учитывались при подтверждении правомерности заявления ставки по НДС 0% за другие периоды. Суды признали решение инспекции законным.