По результатам выездной налоговой проверки инспекция установила, что ИП (комитент) не включил в налогооблагаемую базу по НДС за 1 и 2 кварталы 2009 года выручку, полученную согласно договору комиссии, в размере 18,3 млн рублей. Инспекция доначислила НДС и пени.
Акте проверки датирован 9 октября 2012 года, а 4 декабря предприниматель представил уточненную декларацию по НДС за 4 квартал 2009 года, в которой отразил сумму НДС со спорной выручки в размере 2,8 млн рублей. В этой же уточненке ИП заявил право на налоговый вычет по НДС в размере 2,5 млн рублей. ИП оплатил налог, а после вынесения решения о доначислении НДС по проверке обратился в суд (дело № А41-46456/2013), посчитав это повторным доначислением налога.
Однако при проверке уточненной налоговой декларации за 4 квартал 2009 года инспекция установила, что вычеты предъявлены с нарушением трехлетнего срока на заявление налогового вычета по НДС, а часть вычетов по счетам-фактурам за 3 и 4 кварталы 2008 заявлены повторно.
Суды трех инстанций признали решение инспекции правомерным, указав, что трехлетний срок для предъявления налоговых вычетов по НДС предпринимателем пропущен, поскольку право на применение спорных вычетов у него возникло в 3,4 кварталах 2008 и 1,2 кварталах 2009 года, а отразил он их в уточненной налоговой декларации за 4 квартал 2009 года, представленной в инспекцию 4 декабря 2012 года.
Следовательно, уплаты налога не произошло, а потому доначисление НДС к уплате по решению налогового органа не приведет к повторной уплате налога в бюджет.
При этом суды указали, что налогоплательщик не вправе по своему усмотрению определять налоговый период отражения в налоговом учете объекта налогообложения.
