В представленной фирмой декларации по НДС за 3 квартал 2009 года заявлена сумма вычетов в размере 83,9 млн рублей, включая НДС, уплаченный при ввозе товаров на территорию РФ. При этом на дату подачи декларации в книге покупок за указанный период сумма вычетов по НДС была ошибочно занижена и составила 77,1 млн рублей. Заявленный к уплате НДС был уплачен.

По результатам выездной налоговой проверки инспекция доначислила НДС, пени и штраф, ссылаясь на пропуск компанией трехлетнего срока для применения вычетов за 3 квартал 2009 года и на расхождение данных книги покупок и упомянутой декларации.

Суды трех инстанций (дело № А40-153270/2013) признали решение инспекции недействительным, указав на выполнение компанией необходимых условий для применения налоговых вычетов по НДС. Спорные счета-фактуры получены компанией в 3 квартале 2009 года, товары, работы, услуги приняты к учету, отражены в записях бухгалтерского учета в том же квартале и приобретены для осуществления операций, признаваемых объектом налогообложения НДС.

Инспекция также обратила внимание на отсутствие проводки по кредиту счета 19 – дебету счета 68.2 по спорным счетам-фактурам. Но этот довод отклонен судами. По их мнению, ошибка при отражении бухгалтерской проводки не имеет правового значения для принятия НДС к вычету, так как не опровергает получение счетов-фактур и принятия на учет приобретенных товаров.

Кроме того, расхождения в книге покупок и декларации по НДС не лишают права на соответствующую часть вычетов, так как книги покупок не относятся к первичным документам, на основании которых налогоплательщик предъявляет НДС к вычету. Размер вычетов определяется на основании счетов-фактур, а не на основании книги покупок.

В отношении пропуска срока для применения вычета суды указали на пункт 2 статьи 173 НК. В соответствии с ним при превышении суммы вычетов над суммой исходящего налога, НДС подлежит возмещению при условии подачи налоговой декларации в течении трех лет после окончания соответствующего налогового периода. В данном случае в уточненной налоговой декларации по НДС налог заявлен компанией к уплате, а не к возмещению.