Компания - торговый дом - применяла общую систему налогообложения, занимаясь розничной торговлей. Соответственно, подавала в налоговый орган декларации с исчисленным входящим и исходящим НДС. ИФНС в ходе выездной проверки пришла к выводу, что компания должна применять не общую систему, а ЕНВД.

Однако при этом налоговики не позволили компании пересчитать свои налоговые обязательства в части исходящего НДС. Фискалы сослались на пункты 6 и 7 статьи 168 НК, которые обязывают розничного продавца включать НДС в цену реализуемого товара, при этом нигде ее не выделяя, и выдачу кассового чека приравнивают к исполнению обязанности по выставлению счета-фактуры. Если же счет-фактура выставлен неплательщиком НДС, то последний обязан уплатить предъявленный покупателю налог в бюджет. Кроме того, налоговики указали, что организация самостоятельно задекларировала исходящий НДС, тем самым признав его присутствие в цене реализованных товаров.

Арбитражная судебная система в лице четырех инстанций согласилась с логикой налоговиков, в том числе было отказано в пересмотре неблагоприятных для торгового дома судебных решений в порядке надзора в ВАС.

Организация обратилась в Конституционный Суд и здесь нашла понимание. КС учел конституционные принципы справедливости, равенства и недискриминационности налогообложения, и в том числе тезис о том, что никто не обязан платить налоги больше установленных.

Применительно к спорной ситуации по НДС суд указал, что, во-первых, обязанности выставлять счета-фактуры и уплачивать НДС в бюджет корреспондирует право покупателей на вычет. В случае же розничной продажи не предъявляется к вычету физическими лицами НДС, входящий в цену товара.

Во-вторых, указанные пункты статьи 186 НК не означают, что приравненная для целей НДС к выставлению счетов-фактур выдача покупателям кассовых чеков обязывает продавца как плательщика ЕНВД исчислять и уплачивать НДС. Иное означало  бы возложение на налогоплательщиков не предусмотренных налоговым законодательством дополнительных налоговых обременений.

Учтено было также и то, что в связи с переходом на ЕНВД компания лишилась права учесть налоговые вычеты по НДС, уплаченному ею поставщикам, и уменьшить таким образом сумму НДС к уплате.

КС не стал признавать неконституционными какие-либо нормы НК, однако указал, как следует толковать их во взаимосвязи. Судебные акты по торговому дому подлежат пересмотру (постановление КС от 03.06.2014 г. N 17-П).