Компания 17 октября сдала первичную декларацию по НДС за 3 квартал 2012 года с нулевой суммой налога к уплате в бюджет, а 21 ноября - уточненную декларацию за 2 квартал 2012 года с заявленной суммой к возмещению в размере 25,2 млн рублей. На следующий день компания представила в инспекцию уточненную декларацию за 3 квартал 2012 года с суммой к уплате в бюджет 2,2 млн рублей, в том числе по сроку 22.10.2012 - 716,5 рублей и по сроку 20.11.2012 – 716,5 рублей.

Однако до подачи этой декларации сумма исчисленного налога и пени в бюджет уплачена не была. Вместе с декларацией за 3 квартал компания направила заявление о зачете в счет предстоящих платежей исчисленной к возмещению суммы НДС. По итогам камеральной проверки уточненной декларации за 2 квартал 2012 года принято решение о возмещении НДС в полном объеме.

По результатам камеральной проверки уточненки за 3 квартал 2012 года инспекция оштрафовала компанию за неполную уплату налога, указав на наличие у компании недоимки по НДС за 3 квартал 2012 года в сумме 1,4 млн рублей.

Суды трех инстанций (дело № А27-8956/2013) признали решение инспекции недействительным, поскольку у компании отсутствовала недоимка. На дату окончания срока уплаты налога (22.10.2012 и 20.11.2012) за 3 квартал 2012 года у компании имелась переплата по НДС, в размере, превышающем размер заниженной суммы налога.

В решении кассации указано: «занижение налоговой базы, иное неправильное исчисление налога или другие неправомерные действия (бездействия) налогоплательщика образуют состав правонарушения лишь в том случае, если такие действия (бездействия) привели к неуплате или неполной уплате сумм налога, то есть к возникновению задолженности по этому налогу».

При этом суды поясняют, что инспекция должна была учесть вынесенное ею ранее решение о возмещении компании полностью заявленного НДС.