По результатам выездной проверки инспекция отказала компании в вычете по НДС, ссылаясь на уклонение компании от представления подтверждающих документов. Было установлено, что компания перечисляла денежные средства за товар на расчетные счета ИП и компаний, применяющих специальные налоговые режимы (УСН, ЕСХН). В отношении большей части вычета инспекция при проведении встречных проверок установила факты покупки товара без НДС, и, соответственно, отсутствие оплаты компанией сумм НДС по операциям с этими контрагентами. 

Компания обратилась в суд (дело № А53-17009/2012), предоставив непосредственно в суд все необходимые документы и указав, что вычеты зявлены по операциям с другим контрагентом - ООО «А».

Суд первой инстанции, рассмотрев бумаги, удовлетворил требования компании. По его мнению, инспекция не доказала включение компанией в состав налоговых вычетов по НДС суммы по операциям с контрагентами, находящимися на спецрежимах.

Апелляция, напротив, признала решение ИФНС правомерным, посчитав, что компания намеренно уклонилась от представления документов по требованию инспекции. Суд считает, что достоверность спорных документов налоговиками не была подтверждена. Компания не обосновала невозможность представления документов налоговому органу, а преследовала цель злоупотребить правом на налоговый вычет по НДС вне налогового контроля.

Апелляция также установила, что представленные компанией счета-фактуры по контрагенту ООО «А» недостоверны, так как из анализа банковских выписок следует, что компания оплату ООО «А» в проверяемом периоде вообще не производила. Также отсутствуют доказательства оприходования и реализации товара, купленного у данного контрагента. В итоге, апелляция пришла к выводу о фиктивности сделок с ООО "А" и формировании компанией формального документооборота с целью получения вычета по НДС и подмене имевших место сделок нереальными.

Кассация, соглашаясь с апелляцией, разъясняет, что для получения вычета компания должна представить в налоговый орган все необходимые документы, с полными и достоверными сведениями. В данном случае, компания при проведении проверки не подтвердила обоснованность заявленных налоговых вычетов по НДС первичной документацией.  К тому же, суды пришли к выводу, что отказ компании от представления документов по требованию инспекции не мотивирован объективными причинами: руководство фирмы намеренно препятствовало налоговому контролю.