Во втором квартале 2010 года организация на УСН по результатам участия в аукционе заключила муниципальный контракт на проведение строительных работ. В контракте было прописано, что в стоимость работ включается НДС. 

Так как компания применяла УСН, то в счете-фактуре была указана стоимость «без НДС».

В отношении подрядчика была затем проведена выездная налоговая проверка. Оказалось, что в четвертом квартале компания утратила право на УСН в связи с превышением суммы годового дохода. Был доначислен НДС, в том числе и по указанному муниципальному контракту.

Организация после проверки выставила заказчику корректировочный счет-фактуру, в котором увеличила сумму выполненных работ на сумму НДС.

Не получив требуемую сумму, подрядчик обратился в суд с требованием о взыскании с администрации суммы НДС (дело № А58-6720/2012). 

Арбитражный суд первой инстанции встал на сторону истца. Однако апелляционный и кассационный суды отменили это решение.

Кассационный суд указал, что истец злоупотребил правом при вступлении в договорные отношения. Так как покупатель добросовестно заблуждался об отсутствии у подрядчика статуса плательщика НДС, истец должен самостоятельно нести бремя по уплате налога. Изначально, при заключении контракта, истец указал, что применяет УСН, и НДС включить в цену не мог. При включении подрядчиком в цену работ НДС, цена контракта значительно увеличилась бы, и превысила бы критерии аукциона. Это, в свою очередь, не позволило бы выиграть данный аукцион. Суд посчитал, что истец является недобросовестным продавцом, который имел возможность уменьшить цену контракта на налоговые платежи, а впоследствии, став победителем, предъявить их к оплате добросовестному покупателю. Данное обстоятельство нарушает имущественные права заказчика.

Суд также указал на  постановление президиума ВАС от 14.06.2011 № 16970/10. В нем говорится, что «возложение на добросовестного покупателя обязанности по уплате НДС, не предъявленного к оплате продавцом, использующим гражданские права в целях ограничения конкуренции, получения преимуществ при осуществлении предпринимательской деятельности и злоупотребляющим правом в иных формах, неправомерно».

Истец решил дойти до ВАС, однако коллегия судей ВАС не нашла оснований для пересмотра дела в порядке надзора.