В письме от 26.03.2013 N 03-07-11/9532 Минфин России рассмотрел следующую ситуацию. Налогоплательщик представил в инспекцию уточненную декларацию по НДС, в которой налог был заявлен к возмещению. До окончания камеральной проверки, но уже за пределами установленного трехлетнего срока он подал еще одну уточненную декларацию, в которой сумма вычета не изменилась по сравнению с отраженной ранее, однако была уменьшена налоговая база. В связи с этим в повторной уточненной декларации сумма НДС к возмещению стала больше, чем заявленная в первой уточненной декларации. По мнению Минфина России, если по результатам камеральной проверки повторной декларации инспекция признает сумму вычета правомерной, то налогоплательщик вправе рассчитывать на возмещение НДС в размере, заявленном в поданной ранее (то есть в рамках трехлетнего срока) декларации.

Свою позицию финансовое ведомство аргументировало так. Налогоплательщик вправе применить вычеты и заявить сумму НДС к возмещению, только если декларация подана в пределах трех лет после окончания соответствующего налогового периода (п. 2 ст. 173, п. 1 ст. 176 НК РФ). Если в уточненной декларации, представленной по истечении указанного срока, отражены вычеты, которые ранее были заявлены в уточненной декларации, поданной в пределах трех лет, то налогоплательщиком соблюден срок заявления сумм НДС к возмещению. Таким образом, финансовое ведомство приходит к выводу, что решение о возмещении налога по более поздней декларации может быть принято только в сумме, не превышающей налог, заявленный к возмещению в уточненной декларации, которая подана с соблюдением трехлетнего срока.