Письмо ФНС от 03.04.2013 № ЕД-4-3/5938@ касается налогоплательщиков, самостоятельно корректирующих налоговую базу по НДС в связи с совершением контролируемой сделки, второй стороной которой является лицо, не являющееся плательщиком НДС или освобожденное от НДС.

Корректировки отражаются плательщиком НДС в уточненных налоговых декларациях по НДС, представляемых за каждый истекший налоговый  период, начиная с 1 квартала 2012 года, в котором произошло отклонение цен, повлекших занижение сумм НДС, одновременно с налоговой декларацией по налогу на прибыль организаций (или по НДФЛ).

Сумма недоимки по НДС, выявленной налогоплательщиком самостоятельно, должна быть погашена в срок не позднее даты уплаты налога на прибыль (НДФЛ) за соответствующий налоговый период. До этой даты пени не начисляются.

До внесения дополнений в форму декларации по НДС необходимо учитывать следующее.

Сумма корректировки налоговой базы по НДС и соответствующей ей суммы налога отражается по строкам 010 - 040  раздела 3 уточненной декларации по НДС. При этом запись в дополнительном листе книги продаж за соответствующий налоговый период производится на основании документа (например, бухгалтерской  справки-расчета), свидетельствующего о сумме корректировки налоговой базы по НДС и соответствующей сумме исчисленного налога в отношении товаров (работ, услуг, имущественных прав), отгруженных (переданных) в соответствующем налоговом периоде.

Одновременно с представлением уточненной декларации по НДС налогоплательщику рекомендуется направлять в налоговый орган пояснительную  записку. В ней надо указать, что представление уточненной налоговой декларации связано с корректировкой в соответствии с пунктом 6 статьи 105.3 НК, а также указать сведения о контролируемых  сделках, в отношении которых произведена корректировка (в частности, номер и дату договора,  стоимость предмета сделки, указанную в договоре, сумму произведенной корректировки, сведения об участниках сделки, а именно: ИНН, наименование  организации или ИП, не являющихся налогоплательщиками НДС  или освобожденных от исполнения обязанностей налогоплательщика этого налога) и иную значимую, по мнению налогоплательщика, информацию.

Информация, отражаемая в пояснительной записке, необходима  для разграничения  предмета контроля между ФНС России и территориальными налоговыми органами, а также позволит сократить объем переписки между налогоплательщиками и налоговыми органами.