Организация, подав при регистрации заявление на применение УСН, фактически работала на общей системе налогообложения: выставляла счета-фактуры с НДС, оплачивала его, отчитывалась по всем налогам и взносам в фонды. В свою очередь, инспекция принимала отчетность, проводила проверки, не указывая обществу на несоответствие заявленной и применяемой систем налогообложения. Суд решил, что система налогообложения установилась автоматически.

ФАС Уральского округа 09 октября 2012 г. вынес постановление по делу № А07-21078/2011.

Общество обратилось в суд с заявлением о признании недействительным решения налоговой инспекции.

Решение содержало взаимоисключающие требования: доначисления единого налога, уплаченного по упрощенной системе налогообложения, и, одновременно, за тот же период, НДС и налога на прибыль, а также пеней и штрафов по всем этим налогам.

В суде было установлено, что компания, несмотря на то, что после регистрации в качестве юрлица обратилась в налоговую с заявлением о применении УСН, данный способ налогообложения не применяла. Напротив, направляла покупателям счета-фактуры с выделенным НДС, уплачивала его, представляла декларации. Данные действия плательщика указывают на использование общей системы налогообложения.

Инспекция проводила проверки деклараций по налогу на прибыль, по ЕСН, по страховым взносам в ПФ и ФОМС за 2009, 2010, 2011 годы в режиме, установленном для плательщиков налога по общей системе, и не имела претензий ни к поданным декларациям, ни к первичке. Кроме того, налоговики проводили камеральные проверки по возмещению НДС и возмещали его. В ходе выездной налоговой проверки налоговый орган посчитал недоимку по НДС и налогу на прибыль. То есть инспекция де-факто признала изменение налогового режима.

Кроме того, в деле отсутствуют доказательства фактического применения обществом УСН.

Исходя из указанных фактов, суд отменил решение налоговой о доначислении единого налога по УСН полностью.

Так же налоговой не доказаны эпизоды по большей части нарушений в исчислении и уплате НДС и налога на прибыль.