В НК содержатся статьи, которые, на первый взгляд, дублируют друг друга. Это, во-первых, статья 20 "Взаимозависимые лица" и статья 105.1 с таким же наименованием. Во-вторых, это статья 40 "Принципы определения цены товаров, работ или услуг для целей налогообложения" и положения главы 14.2 "Общие положения о ценах и налогообложении" (статьи 105.3 - 105.6).

В письме Минфина России от 19.09.2012 N 03-01-18/7-130 разъясняется, что статьи 20 и 40 НК в настоящее время применяются исключительно к сделкам, доходы и (или) расходы по которым признаны в соответствии с гл. 25 НК до 1 января 2012 г.

При этом положения раздела V.1 НК применяются к сделкам, доходы и (или) расходы по которым признаются в соответствии с гл. 25 НК со дня вступления в силу Закона N 227-ФЗ (с 1 января 2012 г.), вне зависимости от даты заключения соответствующего договора.

При этом для целей налогообложения цены, применяемые в сделках, сторонами которых являются лица, не признаваемые взаимозависимыми, а также доходы (прибыль, выручка), получаемые лицами, являющимися сторонами таких сделок, признаются рыночными. Кроме того, для сделок с регулируемыми ценами с 1 января 2012 г. в случае, если цены применяются в сделках в соответствии с предписаниями антимонопольного органа, эти цены для целей налогообложения признаются рыночными.

Минфин напомнил также, что если налоговики признают цену сделки между взаимозависимыми лицами не соответствующей рыночной, то может последовать корректировка налоговой базы, которую налогоплательщик вправе обжаловать в досудебном порядке.

При налоговых проверках за прошлые (до 1.01.2012) налоговые периоды "в качестве рыночных признаются цены, рекомендованные предписаниями антимонопольного органа. Доначисления налогов в этом случае не производятся. Для разрешения возможных спорных ситуаций и формирования практики взаимодействия налоговых и антимонопольных органов создана межведомственная рабочая группа ФНС России и ФАС России (Приказ от 27.06.2012 N ММВ-7-13/424@/428). ФАС России придерживается позиции, согласно которой выработке единообразного подхода к определению рыночных цен на основании положений Кодекса должен предшествовать детальный анализ имеющейся судебной практики по данному вопросу. При этом в настоящее время согласно позиции ФНС России отсутствуют спорные ситуации по прошлым налоговым периодам в части вопросов ценообразования для целей применения налогового и антимонопольного законодательства Российской Федерации", - говорится в письме.