ООО «П» (заказчик) и ООО «А» (подрядчик) в период с июня 2011 года по апрель 2014 года заключили 106 договоров на выполнение работ (геодезических, проектно-изыскательских, топографических), а также на поставку товара для выполнения этих работ. Заказчик учел расходы и заявил вычеты НДС.

По результатам выездной проверки ИФНС признала взаимоотношения формальными из-за взаимозависимости компаний – один учредитель, одинаковые виды деятельности, руководит ООО «А» главбух ООО «П». При этом ООО «А» в отчетности отражало минимальные суммы налогов к уплате, не соответствующие стоимости услуг, оказанным ООО «П», а 80% работников были оформлены сразу в двух фирмах – и у налогоплательщика, и у контрагента.

Суд первой инстанции (дело № А60-3146/2018) отменил решение инспекции, полагая, что доводы налоговой основаны лишь на выборочном использовании косвенных доказательств.

Апелляция признала правомерным решение инспекции, установив из анализа командировочных удостоверений, табелей учета рабочего времени, что от 75% до 80% сотрудников  одновременно находились в командировках от имени ООО «А» и на рабочем месте в ООО «П». При допросе работники отрицали свою причастность к деятельности подрядчика, утверждая, что работали у налогоплательщика, денежные средства получали только от ООО «П», в командировки не ездили, о записи о работе в ООО «А» в трудовой книжке узнали только при увольнении. Суд решил, что спорные работы были выполнены силами работников налогоплательщика. Кассация (Ф09-7135/2018 от 21.11.2018) оставила в силе решение апелляции.