30 сентября 2016 года компания представила в налоговую уточненную декларацию по НДС за 3 квартал 2013 года, заявив налог к возмещению. По результатам камеральной проверки у налогоплательщика возникла переплата 12,6 млн рублей. В апреле 2017 года компания подала уточненки за 1, 3, 4 кварталы 2014 года, отразив к уплате 11,1 млн рублей.
По результатам камеральной проверки ИФНС доначислила пени за несвоевременную уплату налога за 1, 3, 4 кварталы 2014 года и выставила требование об их уплате. Пени исчислены начиная со сроков уплаты налога по день подачи уточненки за 3 квартал 2013 года с суммой налога к возврату.
Суд первой инстанции (дело № А46-8498/2017) отменил решение инспекции, указав, что неверное исчисление налога за 1, 3, 4 кварталы 2014 года потерь казне не принесло, поскольку до наступления срока уплаты НДС подлежащий возмещению налог за 3 квартал 2013 года истребован не был, находился в казне, использовался для госнужд.
Апелляция не согласилась с выводами суда, указав, что в установленные сроки налоги за 1, 3 и 4 кварталы уплачены не были, и у инспекции имелись основания для начисления пени.
Кассация оставила в силе решение суда первой инстанции, разъяснив, что пени призваны компенсировать ущерб, понесенный государством в связи с недополучением казной налогов. В данном случае налог за 3 квартал 2013 года не был истребован в сумме, превышающей НДС за 1, 3, 4 кварталы 2014 года, который дополнительно был исчислен к уплате. В решении кассации (Ф04-5749/2017 от 30.01.2018) указано: «если налоговый орган принял решение о возмещении налога, при наличии недоимки по налогу, образовавшейся в период между датой подачи декларации и датой возмещения соответствующих сумм, пени на недоимку не начисляются».
