В письме от 23.05.17 № 03-02-07/1/31591 Минфин напомнил, что при обнаружении налогоплательщиком в поданной им налоговой декларации факта неотражения или неполноты отражения сведений, а также ошибок, приводящих к занижению суммы налога, подлежащей уплате, налогоплательщик обязан представить уточненную декларацию.

Если уточненка представляется в налоговый орган после истечения срока подачи налоговой декларации и срока уплаты налога, то налогоплательщик освобождается от ответственности в случаях:

  • представления уточненки до момента, когда налогоплательщик узнал об обнаружении ошибок налоговым органом или о назначении выездной проверки по данному налогу за данный период, при условии, что до подачи уточненки он уплатил недостающую сумму налога и пени;
  • представления уточненки после проведения выездной проверки, по результатам которой не были обнаружены неотражение или неполнота отражения сведений в налоговой декларации, а также ошибки, приводящие к занижению подлежащей уплате суммы налога.

Если при уплате пеней налогоплательщиком были допущены ошибки в оформлении платежного поручения, уточнение такого платежа проводится налоговым органом на основании заявления налогоплательщика.

В постановлении Девятого арбитражного апелляционного суда от 20.12.2016 N 09АП-59133/2016 указано, что при наличии переплаты на дату представления уточненки этой переплаты должно быть достаточно для полного погашения дополнительно исчисленной налогоплательщиком к уплате суммы налога, а также пеней. При этом переплата зачитывается последовательно в счет причитающегося налога за каждый налоговый период.

Таким образом, в указанном случае для освобождения от штрафа при представлении уточненки по НДС у налогоплательщика должна на день представления такой декларации иметься переплата по этому налогу, которая превышает сумму налога, подлежащую уплате по уточненке, а при наличии недоимки на день подачи уточненки налогоплательщик должен до ее подачи уплатить налог и пени за просрочку уплаты налога.