Согласно учетной политике компании для целей определения доли необлагаемых НДС операций учитывалась только выручка по счету 90.1, а обороты по счету 91.1 не учитывались. Компания не вела раздельный учет облагаемых и не облагаемых НДС операций, считая, что доля расходов по необлагаемым операциям не превышает установленного законодательством предела (5%), и принимала суммы налога к вычету в полном объеме.

По результатам выездной проверки налоговая доначислила НДС, пени и штраф, указав на неправомерность такого учета, установив, что по ряду налоговых периодов 5%-ный барьер был превышен. В этой ситуации согласно пункту 4.1 статьи 170 НК налог принимается к вычету в той пропорции, в которой приобретенное используется для производства и (или) реализации товаров (работ, услуг), операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождены от налогообложения).

Суды трех инстанций (дело № А40-216120/2015) признали законным решение инспекции, разъяснив, что в данном случае нормы НК не оперируют такими понятиями как «прямые (общепроизводственные) расходы», «косвенные расходы». При расчете пропорции для налоговых целей необходимо установление обстоятельств в отношении того, что используются ли товары в облагаемой НДС деятельности или не используются.

Апелляция отметила: «НК РФ не содержит нормы по исключению внереализационных доходов из расчета пропорции для ведения раздельного учета. Положения учетной политики организации не могут противоречить нормам НК».

Судья ВС (305-КГ17-4013 от 27.04.2017) отказал компании в передаче дела в коллегию по экономическим спорам.