Компания занималась облагаемой НДС деятельностью по реализации автомобилей, запасных частей, гарантийным ремонтом (не облагаемым НДС согласно подпункту 13 пункта 2 статьи 149 НК), а также услугами по ремонту, техобслуживанию автомобилей в рамках ЕНВД. При определении доли расходов в целях "правила 5%" компания не учитывала расходы по деятельности, переведенной на ЕНВД. Полагая, что доля расходов по деятельности, не облагаемой НДС, составила менее 5%, компания заявила вычеты НДС в полном объеме.

По результатам выездной проверки налоговая доначислила НДС, пени и штраф, указав на нарушение абзаца 9 пункта 4 статьи 170 – при определении пропорции компания учитывала не все свои расходы.

Компания обратилась в суд (дело № А32-14476/2016), полагая, что в данном случае нельзя отождествлять операции, не подлежащие налогообложению НДС, с операциями, облагаемыми ЕНВД.

Суды трех инстанций признали законным решение инспекции, разъяснив, что общая величина совокупных расходов налогоплательщика складывается как из расходов, относящихся к видам деятельности по общей системе налогообложения, так и из расходов, относящихся к деятельности, облагаемой ЕНВД. Учету подлежат все операции по реализации, которые не подлежат обложению НДС. Указанная правовая позиция согласуется с выводами, изложенными в определении ВАС от 30.10.2013 № ВАС-14566/13 по делу № А63-12167/2012.

С учетом расходов, относящихся к деятельности, облагаемой ЕНВД, установлено превышение компанией 5% доли расходов по необлагаемым НДС операциям в общем объеме расходов, следовательно, инспекция правомерно доначислила налог, пени и штраф, указали суды (постановление кассации Ф08-1951/2017 от 11.04.2017).