В декларации по НДС за 3 квартал 2014 года компания заявила НДС к возмещению. По результатам камеральной проверки ИФНС отказала в возмещении, указав на неполное восстановление НДС, ранее принятого к вычету по счетам-фактурам, выставленным подрядчиками по авансам. НДС был восстановлен частично — пропорционально размеру авансового платежа, который переставал быть авансом после принятия на учет определенного этапа работ в соответствии с условиями договоров.

Компания оспорила решение в суде (дело № А40-227695/2015), полагая, что обязанность по восстановлению НДС поставлена в зависимость от факта приобретения товаров (работ, услуг) и принятия НДС по ним к вычету. Указанные вычеты производятся с даты отгрузки соответствующих товаров (работ, услуг). Из этого следует, что налогоплательщик вправе восстановить налог не полном объеме, а частично – пропорционально сумме аванса, на которую в налоговом периоде приняты товары (работы, услуги). По суммам, которые остаются авансами (не зачтены в счет полученной поставки), НДС восстановлению не подлежит.

Суды трех инстанций признали законным решение инспекции, указав на подпункт 3 пункта 3 статьи 170 НК — суммы налога, принятые к вычету по авансам, подлежат восстановлению в размере налога, принятого к вычету по приобретенным товарам (выполненным работам, оказанным услугам), в оплату которых подлежат зачету суммы предоплаты согласно условиям договора.

По мнению судов (постановление кассации Ф05-21759/2016 от 02.02.2016), условия заключенных договоров не могут предоставлять налогоплательщику возможность выбора наиболее удобного способа принятия к вычету и последующего восстановления сумм НДС, то есть произвольно, исходя из коммерческих интересов.