ООО «А» заявило в вычет в декларации по НДС за 1 квартал 2015 года по взаимоотношениям с ООО «С», представив в подтверждение договор подряда по реконструкции здания, книгу покупок и документы к ней (счета-фактуры, акты, справки, оборотно-сальдовые ведомости и карточки счетов). В ответ на требование инспекции также представлена сметная документация.

По результатам камеральной проверки ИФНС отказа в вычете, установив, что контрагентом представлено две справки 2-НДФЛ за 2014 год при среднесписочной численности в 2014 году — 1 человек. Допрошенный руководитель ООО «С» пояснил, что у него имеется допуск СРО на основные виды работ (земляные, общестроительные, подготовительные, газосварочные работы). Он также показал, что субподрядчиком при выполнении работ по реконструкции являлось ООО «П». Однако в ответ на запрос инспекции СРО указало, что ООО «С» не является его членом. Согласно выпискам по расчетному счету ООО «С»  перечисление ежемесячного членского взноса не установлено. Такая же ситуация была выявлена и с сертификатом соответствия, выданном ООО «С» и удостоверяющим, что система менеджмента качества применительно к ряду работам соответствует требованиям ГОСТ ISO 9001-2011 (ISO 9001:2008). При этом у ООО «П» также отсутствуют ресурсы для выполнения работ и перечисления третьим лицам – субподрядчикам. Инспекция решила, что ООО «С» работы выполнить не могло.

Суды трех инстанций (дело № А12-19344/2016) отменили решение инспекции, установив, что контрагент зарегистрирован в ЕГРЮЛ и состоит на налоговом учете. Документы от имени компании подписаны установленным лицом, который подтвердил выполнение работ силами субподрядчика – ООО «П». Доказательств взаимозависимости или аффилированности налогоплательщика и его контрагента не установлено.

В решении кассации (Ф06-17067/2016 от 01.02.2016) указано: «отсутствие у контрагента лицензии на выполнение определенного вида работ может являться основанием для предъявления иска о признании такой сделки недействительной в порядке статьи 173 Гражданского кодекса РФ и не подтверждает довод инспекции о том, что работы фактически не выполнялись». Более того, инспекция не доказала необходимости лицензий для выполнения спорных работ.

Кроме того, со слов фактических исполнителей работ выяснилось, что работники привлекались ООО «С» без заключения трудовых договоров. Суды отметили, что отсутствие в штате контрагента достаточного количества работников не является доказательством недобросовестности налогоплательщика.