В письме от 18 ноября 2016 г. № СД-4-3/21926@ ФНС указала, что от НДС на территории РФ освобождается выполнение организациями НИОКР и технологических работ, относящихся к усовершенствованию или к созданию новых продукции и технологий, если в состав НИОКР и технологических работ включаются определенные виды деятельности, в том числе, разработка конструкции инженерного объекта или технической системы.
Освобождение от НДС применяется организациями (исполнителями) независимо от источника финансирования работ, при условии, что в состав таких работ включаются виды деятельности, поименованные в подпункте 16.1 пункта 3 статьи 149 НК. При выполнении иных работ указанное освобождение не применяется.
Если оплата НИОКР производится за счет средств бюджетов либо некоторых фондов, то освобождение от НДС применяется как исполнителями, так и соисполнителями этих работ. При этом соисполнителями могут выполняться как НИОКР, так и другие работы, которые являются составной и неотъемлемой частью НИОКР (их отдельным этапом или элементом) в рамках основного договора исполнителя.
Основанием могут являться любые документы, подтверждающие факт выполнения указанных работ, в том числе договор на выполнение работ с указанием источника финансирования, а также письменное уведомление (справка) заказчика, которому выделены средства непосредственно из федерального бюджета, в адрес исполнителей и соисполнителей о выделенных ему бюджетных средствах на оплату указанных работ.
Вместе с тем, налогоплательщик вправе отказаться от освобождения таких операций от НДС, представив соответствующее заявление в налоговый орган по месту учета в срок не позднее 1-го числа налогового периода, с которого налогоплательщик намерен отказаться от освобождения или приостановить его использование. В этом случае НДС исчисляется и уплачивается налогоплательщиком в федеральный бюджет в общеустановленном порядке.
