В письме от 11.11.16 № 03-04-05/66376 Минфин напомнил, что имущественный вычет при продаже физлицом недвижимости или транспортных средств не касается доходов, полученных от продажи имущества, которое использовалось в предпринимательской деятельности.
Поэтому физлицо не вправе уменьшить сумму своих облагаемых НДФЛ доходов, полученных от продажи недвижимости или транспорта, которые использовались в предпринимательской деятельности, на сумму расходов, связанных с приобретением этого имущества, учитывая, что указанный налогоплательщик не имеет права на получение имущественного вычета.
Неприменение указанного вычета не является нарушением принципа равенства налогообложения, поскольку указанное имущество использовалось для извлечения доходов от занятия предпринимательской деятельностью, и налогоплательщику было предоставлено право на списание затрат по его приобретению в виде амортизационных отчислений, которые уменьшали налоговую базу по НДФЛ в составе профессионального налогового вычета.
Согласно правовой позиции КС, изложенной в постановлении от 13.03.2008 № 5-П, возложенное на налогоплательщика бремя уплаты НДФЛ, исходя из сущности данного вида налога и императивов, вытекающих непосредственно из Конституции РФ, должно определяться таким образом, чтобы валовый доход уменьшался на установленные законом налоговые вычеты, а налогом облагался бы так называемый чистый доход.
Учитывая, что имущественные вычеты не применяются в отношении доходов, полученных от продажи имущества, которое использовалось в предпринимательской деятельности, в данном случае "чистым доходом" будет являться доход, не уменьшенный на указанный вычет.