В письме от 17.11.16 № 03-07-08/67622 Минфин напомнил, что для заявления некоторых видов вычетов по НДС предусмотрен трехлетний период. Это касается вычетов НДС по приобретенным на территории РФ товарам (работам, услугам) либо уплаченного при ввозе товаров в РФ в таможенных процедурах выпуска для внутреннего потребления, переработки для внутреннего потребления, временного ввоза и переработки вне таможенной территории либо при ввозе товаров, перемещаемых через границу РФ без таможенного оформления, в случае приобретения этих товаров (работ, услуг) для операций, облагаемых НДС.
Для иных вычетов НДС, в том числе налога, уплаченного в качестве налогового агента, право заявлять их в течение трех лет НК не установлено. В связи с этим такие вычеты следует декларировать в том налоговом периоде, в котором у налогоплательщика выполнены условия, дающие право на вычет.