Авиакомпания Когалымавиа (чье имя связано с крупнейшей авиакатастрофой в истории Египта), занимавшаяся международными перевозками, пользовалась услугами сторонних фирм, в частности по комплексному обслуживанию коммерческих рейсов в аэропортах РФ. Контрагенты выставляли в адрес авиакомпании счета-фактуры с выделением сумм НДС по ставке 18%.

По результатам камеральной проверки ИФНС отказала в возмещении НДС, указав, что услуги, оказанные налогоплательщику, не облагались НДС, следовательно в счет-фактуре неправомерно указана ставка НДС 18% вместо фразы «БЕЗ НДС».

Суды двух инстанций (дело № А40-63173/2016) отменили решение инспекции, указав, что выставление счета-фактуры с НДС по необлагаемым услугам - не повод для отказа в вычете, поскольку в силу подпункта 2 пункта 5 статьи 173 НК налог подлежит уплате при выставлении счета-фактуры по неподлежащим обложению операциям, если в счете-фактуре выделена сумма НДС.

Данная позиция подтверждена письмами ФНС № ГД-4-3/26274 от 18.12.2014 г., № ГД-4-3/2366@ от 16.02.2015 г, а также частным разъяснением УФНС в адрес авиакомпании. Таким образом, контрагенты авиакомпании независимо от того, освобождены от налогообложения НДС оказываемые услуги или нет, вправе выставить счет-фактуру с НДС, а авиакомпания вправе принять налог к вычету.

Суды (постановление апелляции 09АП-37604/2016 от 25.08.2016) учли, что контрагенты авиакомпании уплатили НДС в бюджет.