Компания, использующая линейный метод амортизации, ввела в эксплуатацию основное средство в октябре 2009 года, которое должно было быть полностью самортизировано через 61 месяц. В марте 2013 года (через 41 месяц эксплуатации) была проведена модернизация. Оставшийся срок полезного использования составил 20 месяцев. Далее в июле того же года в результате второй модернизации сумма первоначальной стоимости снова увеличилась, оставшийся срок полезного использования составил 16 месяцев.

Модернизация не повлияла на срок использования основного средства. Компания исчислила амортизацию исходя из остаточной стоимости основных средств, увеличенной на сумму затрат на модернизацию, и оставшегося срока полезного использования.

По результатам выездной проверки ИФНС доначислила налог на прибыль, пени и штраф, приведя свой расчет. По мнению инспекции, поскольку срок полезного использования модернизированных объектов остался без изменения (изменилась только сумма первоначальной стоимости), норма амортизации не может быть изменена, и начисление амортизации следует продолжать, используя прежний механизм исчисления и норму амортизации до полного погашения измененной первоначальной стоимости.

Суды трех инстанций (дело № А45-18480/2015) разъяснили, что увеличение срока полезного использования объекта после модернизации является правом налогоплательщика. Если после модернизации срок полезного использования основного средства не увеличился, налогоплательщик при исчислении амортизации учитывает оставшийся срок (пункт 1 статьи 258 НК).

Судами установлено, что налогоплательщик не увеличил указанный срок, поскольку после модернизации посредством дополнительных модулей возросло быстродействие узла, его пропускная способность, производственная мощность, но не срок использования, ведь на модернизированное ОС повысилась нагрузка.

Суды (постановление кассации Ф04-3528/2016 от 01.09.2016) пояснили, что расчет с неизменной нормой амортизации автоматически приведет к увеличению сроков полезного использования модернизированных объектов, что может привести к превышению предельного срока полезного использования для основных средств соответствующих амортизационных групп и прямо противоречит положению пункта 1 статьи 258 НК.