В письме от 7 июля 2016 г. N 03-07-14/39827 Минфин напомнил, что пунктом 3 статьи 161 НК установлен особый порядок применения НДС при предоставлении органами госвласти и управления, органами местного самоуправления в аренду федерального, регионального и муниципального имущества, согласно которому налоговая база по НДС определяется налоговым агентом как сумма арендной платы с учетом налога. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества.

В отношении услуг по предоставлению в аренду муниципального имущества, переданного организации в оперативное управление, особенностей по исчислению и уплате НДС главой 21 НК не предусмотрено. Поэтому при оказании организацией услуг по предоставлению в аренду муниципального имущества, переданного ей в оперативное управление, налогоплательщиком НДС является эта организация - арендодатель этого имущества.