В письме от 26 июля 2016 г. N 03-04-05/43571 Минфин указал, что оплата организацией за своих сотрудников стоимости проезда от места жительства до места проведения обучения, проживания в месте обучения, производимая в соответствии с ученическим договором, является доходом, полученным в натуральной форме.

Указанные доходы подлежат обложению НДФЛ у источника дохода, то есть у организации, которая является налоговым агентом.

Более подробно этот вопрос Минфин освещал в другом своем письме, выпущенном год назад.