В письме от 29.04.16 № 03-04-05/25411 Минфин напомнил, что имущественный вычет, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 НК, предоставляется в размере доходов, полученных в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир или доли (долей) в них, находившихся в собственности физлица менее минимального предельного срока владения объектом, в сумме в целом не более 1 млн рублей.
Таким образом, при получении дохода от продажи доли в праве собственности на квартиру, налогоплательщик имеет право на вычет в размере, не превышающем 1 млн рублей.
В соответствии с подпунктом 3 пункта 2 статьи 220 НК при реализации имущества, находящегося в общей долевой собственности, соответствующий размер имущественного вычета распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле. Сумма дохода, превышающая сумму примененного имущественного вычета, подлежит налогообложению НДФЛ по ставке 13%.