По результатам выездной проверки за 2007-2009 годы ИФНС доначислила компании налоги, в том числе налог на прибыль на сумму более 29 млн рублей. Решение было получено компанией в декабре 2011 года и вступило в силу 11 января 2012 года.

В конце июня 2013 года компания обратилась в УФНС с жалобой на решение инспекции, которая была оставлена без рассмотрения ввиду пропуска срока на обжалование.

Приговором суда от 15 апреля 2014 года Х., являвшийся в проверяемом периоде директором компании, признан виновным по подпункту "б" пункта 2 статьи 199 УК за уклонение от уплаты налогов в особо крупном размере. В приговоре имеется ссылка на справку об общей сумме налогов, подлежащих уплате компанией за 2009-2011 годы - более 20,2 млн рублей, и отмечается, что с учетом заключения налоговой экспертизы неуплаченная сумма налога на прибыль равна 607 тысячам рублей. 

Компания обратилась в инспекцию с заявлением о проведении пересчета задолженности по налогу на прибыль за 2009 год с учетом суммы, установленной приговором. По мнению компании, сумма ее налоговых обязательств подлежит корректировке, а излишне уплаченный налог - зачету. Инспекция отказала в корректировке.

Суд первой инстанции (дело № А40-126839/2014) признал решение инспекции законным, указав на пропуск срока на обжалование решения. При этом суд отклонил доводы истца о том, что о наличии оснований для оспаривания решения стало известно из приговора суда. Суд отметил, что при проведении экспертизы был использован пакет документов, сформированный налогоплательщиком. При этом инспекция к рассмотрению уголовного дела не привлечена, а информация по результатам выездной проверки не была использована при проведении экспертизы.

Суд учел, что спорное решение было принято исходя из документов по хозяйственной деятельности компании, имевшихся у налогового органа на момент проведения проверки, поскольку компания препятствовала проведению налогового контроля, не исполнила требование о представлении документов, не представила каких-либо пояснений.

Апелляция и кассация согласились с выводами суда. Судья ВС (305-КГ15-13823 от 30.10.2015) также отказал компании в передаче дела в коллегию по экономическим спорам.