В письме от 16.07.15 № БС-4-11/12516 ФНС сообщила, что до конца 2015 года в форму декларации 3-НДФЛ и порядок ее заполнения будут внесены необходимые изменения, предусматривающие, в том числе, возможность отражения сумм налога, уплаченного в связи с применением ПСН.

Пока это не сделано, индивидуальным предпринимателям, утратившим право на ПСН, рекомендуется учитывать оплаченные за патент суммы посредством уменьшения на них рассчитанных в декларации сумм НДФЛ, подлежащих уплате (доплате) в бюджет, и отражать по строке 130 раздела 1 декларации только итоговые скорректированные суммы.

Кроме того, в таких случаях одновременно с представлением декларации рекомендуется направлять в налоговый орган пояснительную записку с указанием в ней произведенных налогоплательщиком расчетов, и иную значимую, по мнению налогоплательщика, информацию.